Вскоре после того, как Гарри Каспаров стал чемпионом, Советский Союз, в котором спортивная деятельность чётко регламентировалась, развалился. Это дало чемпиону бо?льшую свободу действий. В 1993 году Каспаров и претендент Найджел Шорт обвинили ФИДЕ в коррупции и отсутствии профессионализма, вышли из этой организации и основали Профессиональную Шахматную Ассоциацию (ПША), под эгидой которой и сыграли свой матч. Поскольку Шорт был англичанином, а матч проходил в Лондоне, в Англии началось нечто вроде шахматной лихорадки. Однако Каспаров убедительно сокрушил Шорта, и интерес к шахматам в Соединённом Королевстве быстро угас.

ФИДЕ объявила о лишении Каспарова звания чемпиона мира и разыграла его между Карповым (проиграл Шорту в полуфинале турнира претендентов) и Яном Тимманом (проиграл Шорту в финале турнира претендентов). Карпов одержал победу. В результате появилось два чемпиона мира по шахматам: Карпов — по версии ФИДЕ, и Каспаров — по версии ПША.

Каспаров защитил свой титул в матче с Вишванатаном Анандом в 1995 г., который прошёл отбор, очень похожий на тот, который применялся ФИДЕ. Предполагалось, что следующим соперником Каспарова будет Алексей Широв, выигравший матч у Владимира Крамника, однако эти планы не были осуществлены. Не состоялся и повторный матч с Анандом. ПША прекратила своё существование, лишившись спонсоров, и Каспаров решил, что будет отстаивать свой титул в матче с наиболее достойным, по его собственному мнению, претендентом. Но в течение следующих пяти лет Каспаров так ни разу и не защитил свой титул. Лишь в 2000 г. возможность сыграть против Каспарова получил Владимир Крамник. К удивлению общественности, Крамник выиграл этот матч, став очередным чемпионом мира. Поскольку ПША уже не существовала, этот вариант титула стали называть «чемпион мира по классическим шахматам».

ФИДЕ, тем временем, провела ещё один чемпионат по традиционной системе (Карпов защитил свой титул в матче с Гатой Камским), однако уже в 1996 г. решила изменить схему розыгрыша и устроила большой турнир по нокаут-системе, в котором большое количество игроков играло короткие матчи друг с другом. Если такой матч не определял победителя, то устраивалось несколько дополнительных партий с укороченным контролем времени. Многие профессиональные шахматисты были недовольны такой схемой, прежде всего, из-за того, что укороченный контроль не мог не отразиться на качестве партий. Каспаров и Крамник не захотели участвовать в турнирах подобного рода.

В первом таком турнире по нокаут-системе Карпов, как действующий чемпион, был «вне очереди» допущен в финал (и защитил свой титул). Но впоследствии было решено, что чемпион не может иметь каких-либо привилегий и должен участвовать в нокаут-турнире наравне с претендентами. Карпов отказался играть по таким правилам, и в 1999 титул чемпиона мира по версии ФИДЕ достался Александру Халифману, в 2000 — Вишванатану Ананду, в 2002 — Руслану Пономарёву, а в 2004 — Рустаму Касымджанову.

К 2002 г. шахматы оказались в очень затруднительном положении. Мало того, что было два чемпиона мира (Крамник и Пономарёв), многие считали сильнейшим шахматистом планеты Гарри Каспарова, который имел самый высокий в мире рейтинг Эло и выиграл ряд крупных турниров. Американский гроссмейстер Ясер Сейраван вынес на обсуждение так называемые «Пражские соглашение», целью которых было объединение двух линий. Крамник к этому моменту организовал турнир претендентов, выигранный венгром Петером Леко. Сейраван предложил сначала провести матчи Крамник-Леко и Пономарёв-Каспаров, а затем разыграть звание абсолютного чемпиона между их победителями.

Однако проведение объединительных матчей столкнулось с серьёзными финансовыми трудностями. Матч Крамник-Леко состоялся только в конце 2004 г., а ФИДЕ так и не сумела провести матч между своим чемпионом Пономарёвым (позже Касымджановым) и Каспаровым. Разочарованный ситуацией, сложившейся в шахматах, Каспаров оставил активную игру в 2005 г., всё ещё обладая на тот момент самым высоким рейтингом в мире.

В 2005 г. ФИДЕ решила проводить очередной чемпионат не по нокаут-системе и устроила вместо этого двухкруговой турнир. И Каспаров, и Крамник отказались от участия в нём, а победителем (и новым чемпионом по версии ФИДЕ) стал Веселин Топалов.

Наконец, в 2006 году была достигнута договорённость об объединительном матче между Топаловым и Крамником. Матч прошёл в сентябре 2006 года и закончился победой Крамника, который, таким образом, стал абсолютным чемпионом мира. Монополия ФИДЕ на проведение чемпионата мира восстановлена, следующий чемпионат пройдёт в сентябре 2007 года.